5 多様な海洋生物等の共存下での漁業の発展の確保
（1）水産資源を育成する藻場・干潟等の適切な管理
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水産生物の生活史に対応した良好な生息環境を創出することにより生態系全体の生産力を底上げし、水産資源の回復・増大と持続可能な利用を図るため、漁場の生物相の変化等に対応して漁場の管理や整備事業の在り方を適切に見直していく順応的管理手法を取り入れた水産環境整備を推進しました。
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我が国の排他的経済水域において水産資源の増大を図るため、国が漁場整備を行うフロンティア漁場整備事業を実施するとともに、資源管理やつくり育てる漁業と連携し、水産生物の生活史に対応した広域的な水産環境整備を推進しました。
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磯焼け等により効用の低下が著しい漁場において、海域環境変動に応じた手法による藻場・干潟等の造成・保全と併せて、ウニ・アイゴ等の食害生物の駆除や海藻類の移植・は種に対して支援を行いました。また、厳しい環境条件下におけるサンゴ増殖技術を確立するため、サンゴ種苗の生産技術、移植技術等の技術開発に取り組みました。さらに、漁業者や地域の住民等が行う藻場・干潟等の保全活動を支援しました。
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珪藻（けいそう）赤潮によるノリの色落ち対策として、ノリと栄養塩を競合する植物プランクトンを消費しつつ、栄養塩を添加（排出）する二枚貝養殖等を組み合わせた新たなノリ養殖技術の開発を進めました。
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実効性のある効率的な藻場・干潟の保全・創造を推進するための基本的考え方を示した「藻場・干潟ビジョン」に基づき、各海域の環境特性を踏まえ、広域的な観点からハード・ソフトを組み合わせた対策を推進しました。
（2）漂流・漂着物対策の実施
漁場油濁の拡大防止のための流出油の清掃等を支援したほか、漂流・漂着物の発生源の一つと考えられる漁業系廃棄物に係るリサイクル技術の開発・普及に対して支援しました。
（3）トド、大型クラゲ等による漁業被害防止対策の推進
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漁具の破損や漁獲物の食害、作業の遅延等の漁業被害をもたらす有害生物について、各地域で被害をもたらす種については地方公共団体が、都道府県の区域を越えて広く分布・回遊して被害をもたらす種のうち広域的な対策により漁業被害の防止・軽減に効果が見通せる等、一定の要件を満たすもの（大型クラゲ、トド、ヨーロッパザラボヤ等）については国が、それぞれ漁業被害の防止・軽減を図るとの役割分担に基づいて取り組みました。
国は、具体的な漁業被害防止・軽減対策として、トドによる漁業被害軽減技術の開発・実証、我が国、中国及び韓国から成る国際的な枠組みの中で行う大型クラゲのモニタリング調査、有害生物の出現状況・生態の把握及び漁業関係者等への情報提供並びに有害生物の駆除・処理及び改良漁具の導入等の取組を支援しました。
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外来魚の生息状況に応じた効果的な駆除手法の開発を行いました。また、外来魚及びカワウについて、漁業関係者等が広域的に連携して行う生息状況調査や駆除等の取組を支援しました。
（4）生物多様性に配慮した海洋生物資源の保存・管理の推進
海洋における生態系や生物多様性の保全と漁業の持続的な発展とを両立するため、我が国漁業における海鳥類、海亀類等の混獲に対して、各地域漁業管理機関で採択された措置を遵守するために必要な規制を導入するとともに、混獲削減のための技術開発等を実施しました。
また、「生物多様性国家戦略2012-2020」（平成24（2012）年9月28日閣議決定）、平成24（2012）年2月に改定した農林水産省生物多様性戦略等を踏まえ、藻場・干潟等を含む漁場環境の保全の推進等により、里海・海洋の保全施策を総合的に推進するとともに、海洋生物の多様性の定量的評価手法の開発及び赤潮・貧酸素水塊対策を実施したほか、環境省とともに海洋生物の希少性の評価等に取り組み、平成29（2017）年3月に海洋生物レッドリストを公表しました。
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